木包装箱的变色归因于环境中阳光，氧气，湿度，温度和微生物的影响，从而改变了箱体表面的颜色。实际上，可以更改原木和木制品的颜色。砍伐树木时，原木和树皮的末端不完整，容易褪色。木材加工后，木屑在储存和加工过程中也容易发紫，变褐和发霉。用木头制成的产品在使用过程中仍可能变色。
在木包装箱的存放过程中，如果没有良好的通风环境，霉菌的生长很容易引起产品表面的霉变。由于霉菌孢子仅在木材表面生长，因此霉菌只能在浅或近表面生长。
变色是由变色侵蚀引起的，通常为蓝绿色或蓝色，但偶尔为橙色，粉红色，淡紫色或棕色。腐烂的变色归因于腐烂对木材的早期入侵，腐烂通常显示红色斑点，红棕色，棕褐色或紫红色。