中国东方航空集团有限公司前身为1988年成立的中国东方航空公司。1957年1月，原民航上海管理处筹建成立上海解放后支飞行中队，该中队随后历经数次整合扩编和名称更迭。1988年，按中国民航“政企分离”的管理体制改革方案，中国东方航空公司在该飞行队伍第5飞行大队的基础上组建成立，该队伍的其它分支先后划归新成立的中国东方航空公司。
中国东方航空从创业之初就作出了“开拓创新、深化改革、厉兵秣马、飞向世界”的战略决策，仅用三年多的时间就开通了飞往美国和西欧的航线。 为了将“东航”发展成具有较强竞争能力的国际型航空企业，1993年10月，中国东方航空集团公司成立，成功实现了由区域性航空公司向国际性航空公司的转变。除航空运输主业外，多元化拓展，投资企业涉及广告传媒、旅游、宾馆、金融、期货、进出口贸易、房地产、航空食品、机械设备制造等众多行业。
1994年12月31日以原东航上海总部和子、分公司整体改制为股份公司，其他没有关联的全资子公司及在合资企业中的全部股权从东航分立成为东方航空集团公司。集团公司作为发起人以发起方式设立中国东方航空股份有限公司。
2002年东航与中国西北航空公司、云南航空公司联合重组。中国东方航空集团公司控股的中国东方航空股份有限公司，中国东方航空集团拥有其61.64%股权。
2006年3月14日中国东方航空股份有限公司成为2010年上海世博会合作伙伴（航空客运）。东航选用空中客车A340-600型客机（注册号B-6055）推出彩绘涂装世博号飞机。
中国东方航空集团有限公司于2002年10月11日在北京宣告成立。中国东方航空集团公司（以下简称东航集团）是以原东方航空集团公司为主体，兼并原中国西北航空公司、联合原中国云南航空公司组建而成，是国资委监管的中央企业，我国三大骨干航空运输集团之一。